Na rozdiel od vlakov, ktorými sa bežne vozíme, napríklad z Košíc do Bratislavy po hladkých koľajach, Zubačka využíva špeciálny mechanizmus – ozubnicovú sústavu. Oficiálny názov tohto vlaku je ozubnicová železnica, ale prezývku Zubačka si získal medzi cestujúcimi, keď vzrastala jeho obľuba. Systém ozubnicovej železnice funguje cez ozubené koleso, ktoré sa zaraďuje do špeciálneho hrebeňa priamo na koľajniciach. Vďaka tomu môže zvládnuť aj strmé svahy, kam bežný vlak nedosiahne. A hoci je Zubačka iná, patrí do rodiny vlakov Železničnej spoločnosti Slovensko (ZSSK), ktorá sa stará o jej prevádzku.